直播種植的桔梗2～3年后采收，采收應在秋季植株枯萎后或春季萌動前進行，當地一般在9月下旬至10月上旬4月中下旬采收。采收過早，根部營養物積累尚不充分，折干率低。
1.采收：采收時，割去地上莖葉，用特制的挖掘工具（鐵叉）順著根系的方向深挖，注意盡量不挖斷、不傷皮，挖出全根后抖去泥土。
2.初加工：采收后，淘汰斷根及傷病根，剪去地上部分，抖去泥土。采收的桔梗根，若食用則趁鮮時用瓷片刮去栓皮，洗凈，曬干。注意刮皮后應及時曬干，否則易發霉變質或生黃色的銹色斑。若采收的桔梗入藥，則不用刮皮，直接洗凈，曬干，做切片。