秋延遲番茄從季節上講經歷夏、秋、冬三個季節，從天氣上講 經歷高溫多雨和低溫寡照兩個時期，由于氣候的差異導致番茄的管理方法也各不相同，尤其是在病害的防治上應做好早防重治的準備，針對不同的天氣防治不同的病害。
番茄上容易發生的病害雖然很多，但這些病害的發生都有特定的環境，如病毒病在高溫干燥的條件下容易發生，灰霉病在低溫高濕的環境下容易發生等。因此，在番茄的病害防治上應根據不同時期，不同季節采取側重的防治措施進行防治。
1、苗期防徒長，防病毒病
秋茬番茄育苗期處于夏季高溫時期，由于溫度高，苗子密度大，若管理不合理，很容易使幼苗發生徒長，從而影響到后期的開花結果。因此，番茄苗期一定要控棵，育壯苗�？赏ㄟ^常規方法控濕、遮光降溫等措施控制苗子的長勢，還可通過青枯立克、沃豐素葉面噴施或灌根的方式進行，能夠起到蹲苗控旺的效果。晴天中午在苗床上覆蓋遮陽網，避免高溫強光照危害，在其他時間應盡可能地通風透光，避免弱光造成小苗徒長。
病毒病的防治一定要從苗期入手，在防住害蟲的同時為作物補充硫酸鋅、硝酸鈣、維生素C等營養物質，可提高作物的抗病毒能力�；ü诔霈F病毒病可使用TY病毒1號噴霧、灌根進行防治。
2、開花結果前防“爛根莖”
“爛根莖”主要有根腐病和疫病，若在陰雨天氣較多的情況下，這兩種病發生特別嚴重。這兩種都是土傳病害，以防為主。在番茄定植緩苗后，可用青枯立克150-300倍+地力旺300-500倍+沃豐素600倍灌根，也可同時噴霧，預防根腐病和疫病的發生，灌根1-2次，基本上可以防住爛根發生。發現病情后，用青枯立克90-150倍+大蒜油1000-1500倍進行噴霧+灌根，連用2-3次，間隔2-3天；病情嚴重的可復配其它化學藥。
此期要控水控濕，防止濕度過大引發病害，在降雨前，還要做好防雨措施，防止雨水進入大棚，影響番茄的生長。
3、開花結果期防細菌性病害和葉斑病
秋茬番茄進入開花結果期后，細菌性病害流行，在管理上重點防治。如細菌性潰瘍病可用 發現病情后，使用細截或靚果安 150倍+青枯立克100-150倍+大蒜油1000-1500倍+沃豐素600倍+有機硅進行噴霧+灌根，連用2-3次，間隔2-3天（噴霧需要1天噴1次，連續噴霧3天）；病情嚴重的復配其它化學藥。
番茄青枯病可用上述藥劑進行灌根、噴霧防治，對于葉斑病如灰斑病、芝麻斑、圓斑病等病害可使用速凈或靚果安150倍+沃豐素600倍+大蒜油1000-1500倍葉面噴霧進行防治。
4、結果盛期養葉護根
隨著季節變化，氣溫逐漸下降，番茄也逐漸進入結果盛期，此時由于氣溫較低已扣棚蓋簾，棚內濕度較大，在加強棚室環境控制的同時重防葉霉病、灰霉病和早晚疫病，保葉、保果以保證番茄正常收貨。同時，此期施肥應注意多用些腐殖酸或微生物菌劑地力旺，以促進根系生長，保持土壤溫度。