秋番茄除了早防侵染性病害和蟲害外，像落花落果、生理性卷葉、臍腐病、裂果等生理性病害的發生也很普遍，對番茄的品質和質量造成不小的影響，值得我們去重視。
一、落花落果：
1、溫度不適
溫度過高或過低都會導致花器官缺陷，發育不良，引起落花落果。一般番茄在夜溫低于15℃或高于22℃，日溫高于35℃時會引起大量的落花。
2、植株徒長、旺長
很多種植戶為了讓植株快速生長，偏施氮肥，尤其是使用速效性氮肥，夏季高溫高濕的環境條件也容易造成植株旺長，抽走大量的營養，最終引起落花落果。
3、缺素引起
植株缺硼也能引起番茄大量落花落果。
4、土壤、空氣濕度不當引起
水分過多或過低均會造成落花落果。
調控措施：
1、溫度、光照條件的調控
番茄開花坐果期，白天所需溫度為20~30℃，夜間最適溫度為15~20℃。當棚內溫度高于30℃時，就要及時進行放風降溫，也可噴水降溫，防止溫度過高，導致落花落果的產生；棚內最低溫度降到15℃以下時，就應及時拉遮陰網、覆蓋草簾等進行保溫。
2、水肥管理
番茄整個生長期需肥量較大，尤其是開花坐果期對肥料的需求量最大，故應在施足基肥基礎上進行追肥，及時施用奧農樂微生物菌肥、有機肥，奧農樂可作為基肥、追肥和有機肥、農家肥一起使用。奧農樂中富含多糖類、生物堿類、氨基酸類、腐殖酸類、海藻素等高能量物質以及鉀、鈣、鎂、磷、硫、鐵、鋅、硼、錳、鉬等大、中微量礦物元素，可以提高植株葉片中葉綠素的含量、提高作物體內的酶活性，營養復壯作物、提質增產，提高植株自身免疫力、抗逆性；多種有益微生物可有效改良土壤，增加土壤的透氣性，提高土壤中有機質的利用率，通過生物菌的固氮、固碳功能為作物補充營養。
生長期間根據植株不同時間段需水量，合理供水。
3、植株調整
對于非自封頂類型番茄可采用單干整枝或雙干整枝。
4、品種選擇
大果型品種易落花，小果型品種不易落花。注意選擇不易落花的果型。
二、生理性卷葉：
主要與土壤、水分供應狀況及農事操作管理有關。當氣溫高或干旱缺水時，水分供應不足，葉片氣孔關閉而出現卷葉。土壤板結、鹽漬化、酸化，植株根系不能正常生長，導致柱體長勢弱，造成地上部葉片卷曲。
番茄定植時可以用青枯立克+地力旺蘸根，定制后澆定植水可配合青枯立克+地力旺灌根，中草藥制劑中含有的魚腥草素可以及時修復傷口，避免病原菌從傷口處侵染植株，還能為植株補充氨基酸類、有機酸、糖等高能量、風味物質，營養復壯作物，提高果實品質，果實品相好、口感好。
地力旺微生物菌劑可以改良土壤微生物環境，增加土壤透氣、透水性，有益微生物進入土壤后在作物根際周圍迅速繁殖蔓延，形成占位優勢，抑制病原菌的繁殖蔓延，增強植株抗病能力。
及時做好整枝打杈工作，每次農事操作后及時噴霧中草藥修復傷口，營養復壯作物，增強抗逆性。生長期間尤其是高溫時期，容易爆發蟲害，可以配上大蒜油一起用藥，大蒜油的獨特氣味具有趨避害蟲的特效，還具有殺菌的功效，主要成分是硫醚化合物，還可以開啟作物的次生代謝，促進作物生長。
三、臍腐病
臍腐病在番茄種植中也較為常見，與水分不均衡、缺鈣、土壤不好等有關系。
.臍腐果常發、重發區(地)，可選栽果形圓，果皮光滑、較厚的品種；番茄種植前，撒施奧農樂微生物菌肥、有機肥等，避免偏施氮肥，尤其是速效氮素化肥，更應防止一次大量施用，否則會阻礙鈣的吸收，易造成臍腐果；做到適時灌水，均勻灌水，不可使土壤忽干忽濕，特別注意防止土壤過干；
坐果后30天內，是果實吸收鈣的關鍵時期，此期間要保證鈣的供應�？扇~面噴施沃豐素、過磷酸鈣等葉面肥。
四、裂果：
番茄裂果有頂裂果、放射狀裂果、混合狀紋裂果等，在選擇品種的時候
要選擇抗裂性強的品種，一般果形大而圓、果實木栓層厚的品種，比中小型品種、高樁型果、木栓層薄的品種更易產生裂果。
合理澆水，避免水分的忽干忽濕，特別應防止久旱后澆水過多或遇連陰雨，容易造成裂果。露地栽培時，平時要多澆水，避免突然下雨時土壤濕度劇烈變化，雨后及時排水。
番茄臍部裂果的一個主要因素就是礦質元素比例失衡。大量施用氮肥，影響作物對鈣、硼元素的吸收，鈣、硼供應不足可引起裂果，要補充鈣肥和硼肥，調節土壤中各種營養元素的比例。及時噴霧沃豐素和鈣硼肥。在干旱條件下，植株對鈣的吸收也會受到影響，因此要均勻地澆水，以利植株對鈣的吸收。