番茄上除了侵染性病害外，還有很多生理性病害，大多由環境、溫度、水分、施肥、用藥不當造成的，需仔細區分，找到病因源頭，對癥下藥才能解決問題。經常聽到有農戶說，我打了很多藥了，就是沒效果怎么回事？因為病因就沒找對。不是侵染性病害，就是用再貴的殺菌劑也白花冤枉錢。
1、氨氣毒害
癥狀：一般先在中部葉片出現水浸狀斑點，接著葉片邊緣變成黃褐色，葉片下垂，最后枯死。一般棚室早春通風不及時易發生。
原因：土壤中施用碳酸氫銨、氨水、人糞尿、雞糞可直接產生氨氣，在地面撒施尿素、硫酸銨、餅肥等可間接產生氨氣。
措施：生產上選用緩釋性肥料和有機肥、土壤調理劑-奧農樂是防止氨氣中毒的關鍵措施，農家肥要充分腐熟并深施。發現氨氣中毒及時澆水緩解，在葉片背面噴施1%食用醋可明顯減輕危害，也可葉面噴施蕓苔素內酯+沃豐素緩解。
2、木栓化硬皮果
癥狀：主要發生在植株中下部，病果形狀稍有不正，果實表面產生條狀木栓化褐色斑，常產生深淺不一的龜裂。隨后果皮變硬，植株生長趨于停滯，葉片變形，葉尖變黃，莖內側有時出現褐色木栓化龜裂。
原因：缺硼引起。土壤酸化、硼被淋濕、施用過量石灰會加重植株缺硼；土壤干燥、有機肥施用少也易造成缺硼；鉀肥施用過量抑制了硼的吸收。
措施：避免土壤酸化或堿化；合理灌溉，保證供水充足防止土壤過干或過濕，以利于根系對硼的吸收；出現缺硼癥狀，葉面噴施硼砂和沃豐素，7-10天1次，連噴2次。
3、筋腐病
癥狀：筋腐病又稱“條腐病”、“帶腐病”，俗稱“黑筋”“烏心果”。有兩種類型：（1）褐變型。果實膨大期果面上出現局部褐變，凹凸不平，個別果實茶褐色變硬或出現壞死斑。病果內果肉維管束條狀壞死、果心變硬或果肉變褐，部分病果伴有空腔發生。（2）白變型。主要發生在綠熟果轉紅期，果實著色不均，輕者果形變化不大，重者靠近胎座部位果肉呈綠色凸起狀，其余轉紅部位稍凹陷，病部具有蠟樣光澤。病果果肉呈“糠心”狀，果肉維管束組織變褐，食之淡而無味。
原因：番茄植株體內碳水化合物不足和碳氮比下降，引起代謝失調，致使維管束木質化和發病的直接原因。不良的環境條件：光照不足、低溫多濕、空氣不流通、二氧化碳不足、夜間溫度高、地溫低、土壤濕度過大等造成碳水化合物不足。
措施：增施充分腐熟的有機肥，土壤調理劑-奧農樂，坐果后番茄進入需肥高峰期，及時追肥。
4、番茄青皮果
癥狀：果面變褐，凹凸不平，著色不良，采摘的果實有明顯的綠斑，果肉僵硬，嚴重者出現壞死斑，果肉維管束褐變壞死。
原因：與品種有關。光照不足，低溫高濕，氣體交換不良，土壤缺鉀和多氮時容易發生青皮果，尤其是連陰天后暴晴極易誘發此病。
措施：選用抗青皮果的番茄品種，目前生產上果皮薄的中形果、植株葉片不太大的品種較抗病，厚皮品種易感��；增施有機肥，減少銨態氮肥用量以調整氮、磷、鉀比例，促進對鉀的吸收和利用。坐果期噴灑磷酸二氫鉀和沃豐素可在一定程度上減少青皮果的發生。
5、空洞果
癥狀：又稱空心果，表現為果實胎座發育不良，種子較少或無種子，果實內部空洞不充實。一般果面有棱，橫剖斷面有多角形，并可見明顯的空腔，果實重量輕，品質差。
原因：番茄果肉與果腔部生長速度不協調，果肉部生長過快，果腔部生長慢，從而形成空洞果。（1）受精不良�；ㄑ糠只谟龅礁邷�、弱光或低溫等不良環境。（2）栽培措施不當。夜溫過高或溫度過低。光照不足，氮肥施用過多，植株徒長，光合產物不能順利的運輸到果實中去引起果實空洞。（3）2,4-D或番茄靈等調節劑抹花、蘸花濃度過大，處理時花蕾較小或者花序重復處理時易產生空洞果。
措施：合理選擇蘸花調節劑的處理量，蘸花時花蕾不宜過小。肥水管理要適當，避免多施氮肥。避免苗期夜溫過高。摘心不可過早，避免過度疏葉。